Dalam bidang operasional Kolinlamil mengkoordinasikan dan menyusun rencana serta program angkutan laut untuk seluruh jajaran TNI dan Polri. Sebagai Kotama pengemban tugas operasional, pada saat ini Kolinlamil mengoperasikan beberapa Kapal/KRI dari berbagai jenis, antara lain: Angkut Tank (AT), Bantu Umum (BU), Bantu Angkut Personel (BAP) dan jenis Landing Platform Dock (LPD).
Disamping unsur KRI termasuk di dalamnya pengelolaan terminal Kolinlamil, sebagai unsur Komando Pelaksana (Kolak) anglamil ataupun anglanas membawahi 3 Komando Pelaksana Pembinaan (Kolakbin) yaitu Satlinlamil Jakarta, Satlinlamil Surabaya, dan Satlinlamil Makassar.
KRI di bawah pembinaan Satlinlamil Jakarta:
KRI Teluk Amboina 503 | KRI ABN
KRI Teluk Manado 537 | KRI TMO
KRI Teluk Hading 538 | KRI THG
KRI Banda Aceh 593 | KRI BAC
KRI Mentawai 959 | KRI MTW
KRI Tanjung Kambani 971 | KRI KBI
KAL di bawah pembinaan Satlinlamil Jakarta:
KAL Nirwana I
KAL Nirwana II
KAL Nirwana III
KRI di bawah pembinaan Satlinlamil Surabaya:
KRI Bintuni 520 | KRI TBN
KRI Youtefa 522 | KRI TYO
KRI Teluk Parigi 539 | KRI TGI
KRI Teluk Lampung 540 | KRI TLP
KRI Banjarmasin 592 | KRI BJM
KRI di bawah pembinaan Satlinlamil Makassar:
-------------------